Malgré une opposition unanime des organisations syndicales, le texte entre progressivement en vigueur.
Le gouvernement a publié le décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 relatif aux congés pour raison de santé des agents publics. Ce texte modifie les règles applicables aux fonctionnaires, aux agents contractuels, aux ouvriers de l’État et, pour certaines dispositions, aux militaires. Il renforce notamment les modalités de contrôle des arrêts maladie, adapte plusieurs procédures aux nouvelles règles de la Sécurité sociale et fait évoluer le régime du temps partiel thérapeutique.
Cette publication intervient alors que la CFDT et l’ensemble des organisations syndicales ont contesté ce projet tout au long de son élaboration. L’UFETAM-CFDT s’en est fait régulièrement l’écho au cours des dernières semaines. (voir la rubrique » A lire également » en fin d’article)
Un renforcement des contrôles des arrêts maladie
C’est l’une des dispositions les plus controversées du décret.
Les administrations pourront désormais mettre en œuvre un contrôle administratif afin de vérifier la présence de l’agent à son domicile (ou sur son lieu de repos déclaré) pendant les heures où il est tenu d’y être.
En cas d’absence injustifiée ou de refus du contrôle, le versement de la rémunération pourra être interrompu jusqu’à la fin de l’arrêt de travail, sans pour autant interrompre le décompte du congé de maladie.
Pour la CFDT, cette mesure illustre une logique privilégiant le contrôle des agents plutôt que l’amélioration de leurs conditions de prise en charge lorsqu’ils sont malades.
Des règles harmonisées avec celles de la Sécurité sociale
Le décret transpose également dans la Fonction publique plusieurs évolutions déjà applicables aux salariés du secteur privé.
Les arrêts de travail devront notamment respecter les nouvelles règles relatives :
- au certificat d’arrêt de travail sécurisé ;
- aux modalités de prescription des prolongations d’arrêt ;
- aux durées maximales prévues par le code de la sécurité sociale.
L’objectif affiché par le Gouvernement est d’harmoniser les procédures entre les différents régimes et de lutter contre les fraudes.
Le temps partiel thérapeutique évolue
Le décret modifie également la procédure applicable au temps partiel pour raison thérapeutique.
Parmi les principales évolutions :
- l’administration devra statuer dans un délai maximal de 30 jours, sauf lorsque la demande intervient à l’issue d’un congé de longue maladie, d’un congé de longue durée ou d’un congé pour invalidité temporaire imputable au service (CITIS), auquel cas la décision devra intervenir au moment de la reprise ;
- l’autorisation pourra être accordée dans la limite d’une année ;
- tout refus devra être motivé ;
- lorsqu’un refus est fondé sur les nécessités du service, il devra être précédé d’un entretien avec l’agent, qui pourra se faire assister par la personne de son choix ;
- le contrôle médical systématique au-delà de trois mois est supprimé, même si l’administration conserve la possibilité de solliciter un examen médical à tout moment.
Un accompagnement renforcé du retour à l’emploi
Le décret introduit également plusieurs dispositions destinées à préparer le retour au travail après un arrêt de longue durée.
Après plus de trente jours d’interruption, le médecin agréé pourra, en lien avec le médecin traitant et le médecin du travail, préparer les conditions de reprise, étudier les adaptations possibles du poste ou envisager des actions de formation.
Sous réserve d’un avis médical favorable, un agent en congé de maladie pourra également suivre une formation ou réaliser un bilan de compétences afin de favoriser sa réadaptation ou sa reconversion professionnelle.
Ces dispositions n’entreront toutefois en vigueur qu’à compter du 1er janvier 2028.
La téléconsultation intégrée dans certaines procédures
Le texte autorise désormais, dans plusieurs situations, que les examens réalisés par un médecin agréé puissent être effectués à distance, selon les règles de la télémédecine.
Cette possibilité concerne notamment les agents placés en congé de maladie, de longue maladie, de longue durée ou en CITIS.
Un calendrier d’entrée en vigueur échelonné
Les différentes mesures entreront en application selon un calendrier progressif :
- 31 juillet 2026 : entrée en vigueur des dispositions relatives notamment à la téléconsultation ;
- 1er août 2026 : nouvelles règles applicables au temps partiel thérapeutique ;
- 1er sept. 2026 : entrée en vigueur de la majorité des dispositions relatives aux congés pour raison de santé ;
- 1er janvier 2028 : mise en œuvre des mesures relatives à l’accompagnement de la reprise après un arrêt de longue durée.
Une vigilance qui reste entière
Avec la publication de ce décret, le volet réglementaire de cette réforme est désormais achevé.
Pour autant, les critiques exprimées par la CFDT tout au long de la concertation demeurent d’actualité. Si certaines dispositions simplifient les procédures ou améliorent l’accompagnement des agents, le texte renforce également les possibilités de contrôle des arrêts maladie et s’inscrit dans une logique de maîtrise des dépenses publiques que la CFDT a dénoncée à plusieurs reprises.
La CFDT continuera de suivre la mise en œuvre de ces nouvelles dispositions et d’informer les agents sur leurs conséquences concrètes, notamment lorsque paraîtront les premières instructions d’application ou les questions-réponses des administrations.
Source: site UFETAM-CFDT